(© Pixabay)
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Si on vous dit que vous êtes littéralement infesté de microbes, vous ne serez pas surpris. Nos corps, mus par le moteur de l’évolution, se sont suffisamment bien adaptés pour que l’immense majorité de ces organismes travaillent plutôt en notre faveur que contre notre santé, mais ces bactéries prolifèrent néanmoins avec une diversité extraordinaire.
Au point qu’il est possible de découvrir de nouvelles espèces en jetant un coup de microscope sur les semelles de chaussures et les coques des smartphones, comme l’ont fait des citizen scientists menés par le chercheur Jonathan Eisen, de l’université de Californie à Davis.
En collectant puis analysant 3 500 échantillons microbiens prélevés entre 2013 et 2014 lors de 38 événements sportifs et universitaires ainsi que dans des musées, Eisen a identifié près de 35 phyla (une catégorie d’embranchement du grand arbre généalogique de la vie) différents. Les résultats ont été publiés le 1er février dans la revue Peer J et repris par New Scientist deux semaines plus tard.
La “matière noire microbienne”
Mais revenons-en à nos familles de bactéries : selon la classification officielle, il n’existe que 39 phyla d’organismes dits procaryotes, sans noyau et souvent unicellulaires. Sauf qu’en étudiant les prélèvements réalisés, Jonathan Eisen a identifié neuf potentiels nouveaux candidats, qui prouvent que la diversité bactérienne est probablement bien plus importante que ce que l’on soupçonne.
Plus précisément, explique New Scientist, 10 % des échantillons prélevés contenaient de l’ADN de bactéries appartenant à ce que les chercheurs appellent la “matière noire microbienne”, une classe d’organismes dont l’existence est avérée mais dont on sait très peu de choses, en partie car ils sont très difficiles à cultiver en laboratoire.
Plus intéressant, une partie de cette “matière noire microbienne” appartenait à des phyla dont l’existence avait été théorisée par la communauté de chercheurs à partir d’un séquençage génétique des sols. Enfin, les échantillons contenaient des espèces d’organismes jusque-là considérées comme extrêmement rares car découvertes au fond de mines ou d’aquifères souterrains.
Pourquoi, alors, découvrons-nous encore maintenant de nouvelles espèces de bactéries ? Pour les spécialistes interrogés par New Scientist, l’augmentation du rythme des découvertes – des phyla inconnues sont découvertes chaque année ou presque — tient au perfectionnement exponentiel des techniques de séquençage génétique ces dernières années.
Plus nos outils d’autopsie génétique du monde qui nous entourent s’enrichissent, plus leur sensibilité augmente, plus notre vision de la structure biologique de notre monde sera affinée. Des bactéries qui, il y a quelques années encore, passeraient entièrement sous les radars sont aujourd’hui identifiées, changeant petit à petit notre conception du microbiome en un zoo microscopique à l’inestimable diversité.
